Fragen zum Versand von Proben finden Sie hier.

 

Wie sollen die Proben genommen werden ?

Bitte entnehmen Sie die Proben steril und verwenden Sie dafür sterile Gefäße. Die Proben sind mit einer eindeutigen Bezeichnung zu kennzeichnen und sollten dann so schnell wie möglich zusammen mit einem Auftragsformular (unser Formular finden Sie hier) an unser Labor verschickt werden.

Welche Proben kann ich einschicken ?

Eigentlich alles. Wir haben für viele unterschiedliche Probenmaterialien aus den Bereichen Umwelt, Industrie und Medizin bereits Verfahren etabliert. Für viele komplexe Materialien können wir die Methoden schnell anpassen. Im Zweifel rufen Sie uns einfach an.

Wie soll ich die Proben verpacken ?

Versenden Sie nur beschriftete Proben in bruchsicheren Gefäßen, die gut verschlossen und mit einem Tape (z.B. Parafilm) versiegelt wurden. Um eine Beschädigung der Proben zu vermeiden, sollten diese mit Füllmaterial (z.B. Luftpolsterfolie) als Paket verschickt werden.
Für empfindliches Probenmaterial ist ein Kühltransport oder der Versand auf Trockeneis mit einem Express-Dienst nötig.

Für Flüssigkeiten können Sie auch von uns sterile Probengefäße beziehen, die sich gut beschriften und versenden lassen.

Muss ich mich vorher anmelden ?

Für ein reibungsloses Abarbeiten Ihrer Proben ist es vorteilhaft, wenn Sie uns vorher über den Auftrag informieren. Über die Möglichkeiten informieren wir Sie hier.

Kann ich auch eine einzelne Probe einschicken ?

Kein Problem. Für die Einzelanalyse einer Universellen Molekularen Identifizierung berechnen wir keinen Aufpreis.

Wie lange dauert die Analyse ?

Eine Universelle Molekulare Identifizierung dauert bis zum Ergebnis des Screenings mindestens 5 Arbeitstage. Als Zwischenergebnis schicken wir Ihnen einen ersten Bericht mit dem indizierten Gelbild per E-Mail zu, aus dem Sie dann die zu identifizierenden Banden auswählen können.
Nach weiteren 2-3 Werktagen erhalten Sie einen zweiten Ergebnisbericht, der Identifizierung der von Ihnen ausgewählten Banden enthält.

 

Wie bekomme ich meinen Ergebnisbericht ?

Um die Ergebnisse möglichst schnell zur Verfügung zu stellen, verschicken wir den Ergebnisbericht als PDF-Dokument per E-Mail. Wenn Sie statt dessen oder zusätzlich einen Ausdruck des Berichts benötigen, schicken wir Ihnen diesen gerne zu.

 

Welche Informationen stehen im Bericht ?

Der Bericht enthält das Screening-Ergebnis in der Form einer Abbildung. Dabei ist in jeder Spur eine Probe in ein Bandenmuster aufgetrennt. Jede Bande steht für eine andere DNA-Sequenz und damit in der Regel auch für eine andere Spezies (Bakterien oder Pilze).
Die Auswahl der zu identifizierenden Banden können Sie selbst durchführen oder an uns übertragen (z.B. mit einer Maximal-Anzahl). Je nach Fragestellung müssen manchmal sämtliche Banden und manchmal nur die dominierenden Banden (Kontaminationsnachweis) identifiziert werden. Manchmal wird nur die Bande gesucht, die in allen Proben vorkommt und manchmal diejenige, die in einer Probe anders ist.
Wir helfen Ihnen bei der Interpretation der Ergebnisse und beraten Sie bei Art und Umfang der Auswahl von Banden.

 

Werden nur Bakterien nachgewiesen ?

Jede Universelle Molekulare Identifizierung wird mit einem Zielgen durchgeführt. Für die Detektion von Bakterien wird das 16S rRNA-Gen verwendet. Für den Nachweis von Hefen/Pilze wird das Gen für die 18S rRNA nachgewiesen. Entsprechend kann also eine Universelle Molekulare Identifizierung entweder nur für Bakterien, nur für Hefen / Schimmelpilze (Kombinationsnachweis) oder nur für ausgewählte Gruppen durchgeführt werden. Die nachzuweisenden Mkroorganismen müssen also vorher spezifiziert werden.

 

Welche Nachweisgrenze hat die Methode ?

Diese Frage lässt sich nicht so einfach beantworten. In wässrigen Proben ist ein Nachweis von 10 bis 100 Zellen pro ml mit Amplifikations-gestützten Verfahren möglich. Viele komplexe Probenmaterialien setzen aber die Nachweisgrenze herauf.

Wenn bei einer universellen PCR ein Keim im Vergleich zu den anderen Organismen in hoher Konzentration vorliegt, kann der Nachweis anderer Organismen unterdrückt werden. In Proben, in denen viele verschiedene Spezies in ungefähr gleicher Konzentration vorkommen, können dagegen bis zu 100 verschiedene Spezies gleichzeitig nachgewiesen und differenziert werden.

Methoden auf Basis von Next-Generation-Sequencing (NGS) sequenzieren tatsächlich jeden DNA Strang in der Probe. Für die meisten Anwendungen ist dies nicht notwendig und deshalb sehr teuer.

 

Was ist der Unterschied zu anderen universellen molekular-biologischen Methoden ?

Methoden wie DGGE oder TGGE sind vergleichbar zu unserem Nachweis und unterscheiden sich hauptsächlich in der Methode der Auftrennung.

Ein anderer Ansatz ist die Klonierung von universellen PCR-Produkten und die anschließende Sequenzierung dieser Klone. Hier müssen viele Klone sequenziert werden, um eine statistische Aussage über die vorhandenen Spezies geben zu können. Es gibt kein direktes Bild der Verteilung der Organismen in der Probe.

Mit FISH wird ebenfalls kultivierungsunabhängig und direkt im Probenmaterial ein universeller oder spezifischer Nachweis von Mikroorganismen durchgeführt. Es erfolgt dafür jedoch kein Amplifikationsschritt. Daher ist diese Methode nur bei Proben mit ausreichend hoher Zellzahl geeignet.

 

Was bedeutet "kultivierungsunabhängiger Nachweis" ?

Nicht alle Bakterien lassen sich mit einer Kultur anreichern. Manche Gruppen, wie z.B. obligat anaerobe Bakterien, können zwar kultiviert werden, erfordern dafür jedoch einen hohen technischen Aufwand.
Daher ist die Universelle Molekulare Identifizierung von AMODIA eine Alternative. Der Nachweis wird ohne vorherige kulturelle Anreicherung durchgeführt und vermittelt einen Einblick in den Zustand einer bakteriellen Gemeinschaft zum Zeitpunkt der Probenahme. Deshalb kann es erforderlich sein, die Proben direkt nach der Probenahme einzufrieren, luftdicht zu verschließen oder ähnliches.

Was kosten die verschiedenen Analysen ?

Fragen Sie nach unserer Preisliste. Bei größeren Probenmengen oder regelmäßigen Analysen erstellen wir Ihnen gern ein individuelles Angebot.

 

Und wenn ich noch Fragen habe ?

Unser Team aus erfahrenen Mikrobiologen berät Sie gern. Also einfach anrufen !